Началото на известното днес 6 ОУ е през далечната 1899г., когато в сградата на г-н Д. Хранов на ул. ”Гурко” се открива трикласно училище. То се отделя от Първа софийска мъжка гимназия, но всъщност се управлява самостоятелно. От 1901г. то е наречено III държавно трикласно софийско мъжко училище с директор г-н С. Христов.
През 1903г. училището е преместено в зданието на братя Вазови, намиращо се на улица „Алабинска” №43. На заседанието си от 14 януари 1904г. по предложение на директора Г.Кертев съветът решава училището да се именува на престолонаследника княз Борис Търновски по случай 10-годишнинатата му и за патронен празник е избрана датата 2 май. В началото на века в училището преподават утвърдени учители: Хр. Матев, П. Манов, И. Кузумов, Ст. Дринов, И. Гудев .Закипява музикална дейност, когато учител по музика става известният музиколог К. Рамаданов. Той основава хор и оркестър. В началото на 1912г. в София започва строеж на осем училищни сгради и на мъжкото училище е предоставено място на ъгъла на улиците „Самоковска” и „Шести септември”, в близост до Черната джамия. Основният камък е положен през пролетта на 1912г. и в основите на колоната, намираща се отляво на входа, е вграден паметен пергамент с датата на първата копка и имената с подписите на цар Фердинанд, И.Ев.Гешов-министър председател, Ст. Бобчев-министър на просветата, Баталов-кмет на града, и Ц.Сталийски-директор на училището. Сградата е завършена през 1915г. и в нея се настанява преименуваното трикласно училище-III Софийска мъжка прогимназия.
Още при започването на строежа председателят на Училищното настоятелство А. Дамчев изпраща телеграма до вдовицата на граф Н. П. Игнатиев Екатерина Игнатиева, с която иска разрешение строящият се просветен храм да носи за вечни времена името на покойния и съпруг в знак на признателност. Тя изпраща заедно със своето съгласие и портрет на графа, рисуван в последните му години, който е единствен и е реликва на училището и на България. Улица „Самоковска” също се преименува и до ден днешен носи името на граф Игнатиев за заслугите на руския дипломат към България. Първата световна война превръща училището в болница.
През 1923г. то се слива с 9-то девическо училище и се именува Трета народна прогимназия. В нея преподава бележитият педагог Тодор Самодумов, а в сградата се настанява учителският институт за прогимназиални учители. След войната Трета прогимназия се слави с добре подбрани учители и високия успех на учениците си. Певческото и хоровото изкуство са на висота. Хорът на Рамаданов получава звание „хор-първенец”. Музикалните традиции са продължени от учителите И. Иванов, Н. Янев и А. Николов- ръководители на хор, струнен и духов оркестър, вокална група, представили певческото ни изкуство зад границана територията на Унгария през 1957г. Постиженията донасят на училището обявяването му за национална база за пеене и музика, в която се обучават студенти под ръководството на видни професори и композитори-акад. П. Стайнов, акад. А. Стоянов, Ф. Кутев, проф. Л. Пипков, проф. Г.Златев-Черкин. Детският писател Ценко Цветанов, преподавател по български език през 30-те години, вдъхва любов към родния език и насочва към театрално изкуство онези, които имат желание и дарба за актьорска изява. Под вещото ръководство на добрите педагози израстват бъдещите актьори и музиканти: Д. Ганева, Ани Пенчева, Н. Матеева, н.а. В. Бахчеванова, Н. Анастасов, Д. Манчев, М. Дупаринова, Л. Попиванова, з.а. Н. Недялков, Н. Мандаджиева, П. Хаджиев, Д. Петков, Ал. Владигеров, з.а. Галя Йончева, Хр. Христова, Ат. Бояджиев, Ж. Дреникова, Б. Лечев, Кр. Гатев, Д. Запрянова и др. През 1935г. след петгодишен труд на учителката по история Мария Стайкова, нейните ученици и техните родители се открива първият училищен музей в България, който проследява човешката еволюция от древността до наши дни.
По време на бомбандировките над София през 1943-1944г. експонатите се съхраняват в помещения на Съдебната палата, а през 1946г. музеят отново е подреден и попълнен с нови експонати под ръководството на историчката Мара Велкова. Той е посещаван от деца и преподаватели от София и страната и заслужено представлява гордост за училището. Петър Радев, ученик в училището през 20-те години, става преподавател по история и в рамките на една учебна година (1957-1958) създава кръжок, чиито участници събират и подреждат сведения за училището, издадени по-късно в една малка, но много ценна книжка „Миналото на нашето училище”. Една година преди началото на Втората световна война училище „Граф Игнатиев” става основно с начален и про-гимназиален курс ( I,II,III,IVотделение и I,II,III прогимназиален клас). През 1943г. то отново е превърнато в болница. По време на бомбандировките над София през януари 1944г. сградата е засегната и част от нея разрушена. Благодарение на задружните усилия на родители и общественост и председателите на Родителския комитет проф.Тр.Запрянов и Хр.Таскова са възстановени учебните занятия, изграден е през 1955г. третият етаж, оформена е физкултурна площадка, инсталирано е централно отопление, в приземния етаж е създаден салон за срещи и концерти. По- късно са оформени кабинети и стол за хранене. 1950 е годината, в която Трета народна прогимназия се превръща в Единно смесено училище №6 с директор Веса Орлова, за която всички си спомнят с уважение и почит. През 1960г. при реорганизация в системата на просветата училището се разделя с последния випуск единадесетокласници и от следващата година е основно, каквото е и до днес. До края на ХХ век училището трупа авторитет и признание.
Съхранена е традицията да се дава много добра подготовка на учениците в резултат на отличната работа на преподаватели под ръководството на директорите К. Драгова, Н. Доксанлиева, Й. ПопЙорданова. През тези години, когато основни критерии за работата са успехът, достиженията и реализацията на децата, в училището твори цяла плеяда учители, спечелили не само авторитет, но и уважението, любовта и признанието на своите възпитаници - М. Пантелеева, П. Узунова, М. Игнатова, Н. Венкова, С. Миндова, Г. Солакова, Ц. Нинова, Ц. Симеонова, И. Хаджи-Василева, Н. Кръстева, Р. Лазарова, М. Пенчева, Р. Янкова, П. Ламбова, К. Канева, Д. Георгиева, Д. Арнаудова, П. Иванов, Р. Котова, Ю. Градинарова, Р. Илиева, Л. Стоянова, З. Бакалова, М. Георгиева, Ц. Цанова, Д. Ватева, В. Тодорова, В. Денева, Н. Хайтова, Е. Димова, П. Аладжова, И. Коцева, В. Толева, М. Тимнева, И. Миланова, М. Мандаджиева. Признание за училището е връченият в чест на 75- годишнината орден „Кирил и Методий”- I степен - награда за дългогодишната учебно-възпитателна дейност. Националният институт за паметниците на културата обявява училищната сграда в ДВ бр.40 от 1978г. за архитектурен паметник на културата от местно значение. За 85-годишнината от основаването на училището е подета инициатива за реставрация на портрета на граф Игнатиев, който дълги години посреща учениците вдясно от централното стълбище. На призива се отзовава художникът реставратор Михаил Малецки, възстановил фреските в руската църква „Св. Николай Чудотворец”, Самарското знаме и автор на метод за реставрация и консервация на тъкани. В хода на работата изразява мнението си за авторството на училищната реликва. Според него портретът е дело на известния руски художник Репин или негов ученик. Малецки подарява на училището портрет на В. Левски и „Вечен букет на училище „Граф Игнатиев”. Традиция е да се отбелязват годишнините в историята на училището с грандиозни тържества и концерти, в които участват всички преподаватели и ученици.
Година след година възпитаниците на едно от най-старите училища в София се отблагодаряват на своите учители със завоювани първи места на олимпиади, състезания, конкурси и лични постижения в различни области на човешкото познание. Броят на получилите образование в този просветен храм за повече от един век вероятно надхвърля 20 000 ученици. И днес училището отговаря на предизвикателствата на времето. Заедно с младите и техните стремежи и то върви към едно модерно образование, свързано с въвеждането на компютрите в образователната система.
Но най – важното за едно училище е да дарява знания, да възпитава младите хора да се чувстват като част от една вековна традиция и да запазят увереността дълбоко в сърцето си, че там в детството училището е оставило нещо добро и полезно, за което всеки си спомня винаги, когато се връща към корените си, независимо в коя точка на света се намира.